Al desactivar el módulo de Apache mod_php es probable que si accedemos al webmail de cualquiera de nuestros dominios (midominio.tld/webmail) no se interprete el código php y salga en texto plano en la pantalla.

Para evitar esto, activaremos la interpretación de php mediante FPM editando el archivo /etc/apache2/conf-enabled/roundcube.conf y añadiendo debajo de la línea donde se indica el alias el siguiente código:

<IfModule !mod_php5.c>
<IfModule proxy_fcgi_module>
    # Enable http authorization headers
    <IfModule setenvif_module>
    SetEnvIfNoCase ^Authorization$ "(.+)" HTTP_AUTHORIZATION=$1
    </IfModule>

    <FilesMatch ".+\.ph(p[3457]?|t|tml)$">
        SetHandler "proxy:unix:/run/php/php5.6-fpm.sock|fcgi://localhost"
    </FilesMatch>
    <FilesMatch ".+\.phps$">
        # Deny access to raw php sources by default
        # To re-enable it's recommended to enable access to the files
        # only in specific virtual host or directory
        Require all denied
    </FilesMatch>
    # Deny access to files without filename (e.g. '.php')
    <FilesMatch "^\.ph(p[3457]?|t|tml|ps)$">
        Require all denied
    </FilesMatch>
</IfModule>
</IfModule>

Esto suponiendo que tengamos php5.6-fpm instalado.

Después reiniciamos el servidor apache y volverá a funcionar como antes, con la ventaja de contar con el protocolo http2 activado.