Al desactivar el módulo de Apache mod_php es probable que si accedemos al webmail de cualquiera de nuestros dominios (midominio.tld/webmail) no se interprete el código php y salga en texto plano en la pantalla.
Para evitar esto, activaremos la interpretación de php mediante FPM editando el archivo /etc/apache2/conf-enabled/roundcube.conf y añadiendo debajo de la línea donde se indica el alias el siguiente código:
<IfModule !mod_php5.c>
<IfModule proxy_fcgi_module>
# Enable http authorization headers
<IfModule setenvif_module>
SetEnvIfNoCase ^Authorization$ "(.+)" HTTP_AUTHORIZATION=$1
</IfModule>
<FilesMatch ".+\.ph(p[3457]?|t|tml)$">
SetHandler "proxy:unix:/run/php/php5.6-fpm.sock|fcgi://localhost"
</FilesMatch>
<FilesMatch ".+\.phps$">
# Deny access to raw php sources by default
# To re-enable it's recommended to enable access to the files
# only in specific virtual host or directory
Require all denied
</FilesMatch>
# Deny access to files without filename (e.g. '.php')
<FilesMatch "^\.ph(p[3457]?|t|tml|ps)$">
Require all denied
</FilesMatch>
</IfModule>
</IfModule>
Esto suponiendo que tengamos php5.6-fpm instalado.
Después reiniciamos el servidor apache y volverá a funcionar como antes, con la ventaja de contar con el protocolo http2 activado.